Utbredelse: Arten er utbredt, men antakelig fåtallig, i mesteparten av Sør-Norge. Det foreligger relativt få funn fra Vestlandet, og nordligste funn er gjort i Trondheim [Utbredelseskart]. Kun én mulig ynglekoloni er påvist i Norge (Østfold). Skimmelflaggermusa har en generelt østlig utbredelse i Europa. Den finnes videre østover gjennom Russland til Mandsjuria og Pakistan.

Forplantning/levealder: Lite er kjent omkring dyrenes kjønnsmodning og reproduksjon. Paringen finner sted på høsten, da hannene oppviser et kurtisespill langs loddrette strukturer som fjellvegger og høye bygninger. Hunnene får høyst ett kull i året og ofte to unger i kullet, sjelden tre. Koloniene består av 30-50 hunner. Hannene kan danne egne store hann-kolonier om sommeren, opp til over 250 individer er registrert fra Europa. Ungene fødes rundt månedsskiftet juni-juli. Ynglingen finner nå oftest sted i sprekker i bygninger, men arten var sannsynligvis opprinnelig knyttet til fjellvegger. Gjennomsnittlig levealder er trolig ca. 4-5 år, mens høyeste kjente levealder i Europa er 12 år.

Overvintring/trekk: Skimmelflaggermusa er ved et fåtall anledninger funnet overvintrende i bygninger i Norge. Brukbare steder ellers i Europa er gruveganger og grotter, hvor de oftest stikker seg bort i smale sprekker, og muligens også i hule trær. Dvaleperioden varer fra oktober til mars. Arten later til å foreta regulære trekk fra sommer- til vinteroppholdsstedene, i alle fall i deler av Europa; lengste kjente forflytning er på 1440 km.

Jaktatferd: Arten kommer ofte ut nokså sent på kvelden. Flukten er rask og relativt rettlinjet, ofte foregår jakten 10-20 meter over bakken i åpent lende. Føden består av flygende biller og nattsommerfugler.

Illustrasjon som viser skimmelflaggermusas jaktatferd (Peter Twisk).

Ekkolokalisering: Med en flaggermusdetektor (innstilt på heterodyning) høres skimmelflaggermusas ekkolokaliseringssignaler ut som en slags urytmisk bobling eller drypping. Lyden er meget lik nordflaggermusas, men er noe langsommere, mer regelmessig og ligger noe lavere i frekvens; den høres best på ca. 26 kHz. Lyden kan også i noen tilfeller minne om storflaggermusas, men denne ligger enda en del lavere i frekvens.